主持国家级科研项目有,教育部八五规划“先秦两汉时期东南沿海地区考古学文化研究”(1993-1996),教育部九五规划专项任务“福州城市考古研究”(1997-1999),国家社科基金十五规划“闽台土著民族关系与‘南岛语族’起源”(2001-2004),教育部十五规划“环中国海沉船与海洋考古研究”(2001-2004),教育部重点研究基地重大项目“台湾原住民研究”(2006-2010),国家社科基金重大项目“环中国海海洋文化遗产调查研究”(2010-2015)。
出版专著、编著:《中国东南土著民族历史与文化的考古学观察》,厦门大学出版社1999年版。
《闽越国都城考古研究》,吴春明、林果著,厦门大学出版社1998年版。2000年球探体育比分:第四届优秀社会科学成果三等奖。
《环中国海沉船》,江西高校出版社2003年。2005年球探体育比分:第六届优秀社会科学成果三等奖。
《透视中国东南——经济文化的整合研究》,陈支平等主编,执笔第二编《汉越合韵:东南文化的社会基础》,“十五国家重点图书”,厦门大学出版社2003年。2004年度“中国图书奖”、2005年球探体育比分:第六届优秀社会科学成果一等奖。
《海洋考古学》,科学出版社2007年版,2009年球探体育比分:第八届社会科学优秀成果三等奖。
《从百越土著到南岛海洋文化》,“北京大学震旦古代文明研究中心丛书第二十七”,文物出版社2012年出版。
《福建连江定海湾沉船考古》,赵嘉斌、吴春明主编,科学出版社2011年,2011年度中国文化遗产“十佳”图书,2013年球探体育比分:第十届社会科学优秀成果二等奖。
《林惠祥文集》三卷,蒋炳钊、吴春明主编,厦门大学出版社2011年。
《武夷山崖上聚落》,吴春明、佟珊主编,厦门大学出版社2012年。
《海洋遗产与考古》,吴春明主编,科学出版社2012年版。
《冶城历史与福州城市考古论文选》,吴春明、林果执行主编,海风出版社1999年。
《东南考古研究》第一辑,吴绵吉、吴春明主编,厦门大学出版社1996年。
《东南考古研究》第二辑,邓聪、吴春明主编,厦门大学出版社1999年。
《东南考古研究》第三辑,邓聪、吴春明主编,厦门大学出版社2003年。
《东南考古研究》第四辑,邓聪、吴春明主编,厦门大学出版社2010年。
《百越研究》第一辑,容小宁、吴春明主编,广西科技出版社2007年版;《百越研究》第二辑,陆勤毅、吴春明主编,北京师范大学出版集团2011年。
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