首任廉政署署长周志荣告诉台湾媒体，廉政署是以反贪、防贪为主，肃贪为辅。过去，台湾政风业务只负责行政查处，检查官、法官负责追诉审判，欠缺将整个环节结合的一个平台。廉政署成立就是建立这个平台。

　　台湾官僚体系贪污“黑数”（又称犯罪暗数、刑事隐案，是指实际已经发生但由于种种原因尚未纳入警方记载的犯罪数量）存在多年，弊案频传，近期暴发的事件，包括关税总局人员涉嫌集体贪污、警方涉入特种行业，以及前总统李登辉涉嫌贪污受到起诉。虽然台湾舆论对隶属于法务部的廉政署整顿公务员贪腐歪风的作用持保留态度，但台湾终于有了与香港和新加坡类似的专责肃贪机构，新机构的表现深受各方关注。

　　设立廉政署是马英九的竞选支票，他强调台湾贪污犯罪“黑数”很大，重要的是“抓得到，判得下” ，有效地掌握证据，起诉之后尽量做到百发百中，而不是拿起肃贪大刀随意挥舞，但最后无法定罪，既打击公务员士气又无法达到效果。

　　他表示，万一真的发生贪污事件，政府一定要做到主动发掘、明快处置、配合侦办、对外说明，要让外界感觉是一个不怕家丑外扬的政府。这样的态度也有助廉政署的未来发展。

　　他指出，国际透明组织发布贪腐状态的印象指数，排名前十名的国家，本身就是经济发达，竞争力强，因此清廉与国家竞争力有密切关系。

　　针对外界质疑廉政署组职位阶仅三级机关，未能充分发挥肃贪作用，他认为台湾廉政署和香港、新加坡直接隶属于总理或特首的组织不同，但以国际透明组织排名前十名的国家和地区来看，全世界的实务运作，主要是由执法机关查办贪污事件，新加坡和香港不是通例。

　　据国际透明组织去年的排名，新加坡居第二位，位于同样获得第一名的丹麦和纽西兰之后，香港和台湾则分居第13名和第33名。前十名的国家中，新加坡是唯一亚洲国家，多数是欧洲国家。

不直接隶属总统府

　　台湾廉政署不直接隶属于最高领导人还有台湾政治现实的考量。台湾政治存在着蓝绿严重对立情况，若廉政署隶属总统府，将会被在野党说成是执政者的“东厂”、“禁卫军”。

　　原来也负责贪渎防制、洗钱防制的调查局和新成立的廉政属是否存在着叠床架屋，功能重叠的问题？马英九和周志荣都作了回应，认为职权上或许有重叠，但功能不尽相同，廉政属主力防贪，彼此可以有良性的竞合关系，达成分进合击的效果。

　　周志荣指出，目前编制人员不到200人的廉政署是依据联合国反贪腐公约而成立，其功能并不是外界所以为的肃贪为主，恰恰相反，而是以防贪、反贪为主，肃贪为辅。对于盲从、屈从和误触法网者，廉政署将给与自新并减轻刑罚的机会，而对于贪渎高风险的业务，如何防贪，分析并提出具体的改善方案，以达到预防贪渎犯罪发生的作用。

　　目前台湾贪渎定罪案为55%。国民党立法院党团首席副书记赵丽云认为廉政署首要任务就是要把贪渎定罪率提高一成，让民众有感。

　　国民党立法院党团书记长谢国樑则认为，廉政署需要拿出政绩，才能令民众信服。他要求一个月内挑“大咔”（高官）办出成效。

　　民进党立院党团则检举10起与总统马英九、台北市长郝龙斌有关案件，要求廉政署查办，以检视廉政署的公正无私。

　　民进党籍立委黄伟哲说，廉政署的主要骨干都是政风人员，政风人员是否发挥机关防腐剂的功能值得观察，但过去特侦组或检调机关常被批办绿不办蓝、政治权斗，廉政署若步上特侦组等机关的后尘，让人对澄清吏治、建立公正的司法形象打问号。